1628年，内喀尔喀、博格达彻辰、哲里木盟、喀喇沁、大草滩、奈曼、察哈、察哈尔、察哈尔林丹汗、布颜台吉、挨不哈、昭乌达盟、杜尔伯特等多地先后归附后金。清朝在入关前通过联姻拉拢还有武力征服，成功拿下漠南蒙古的控制权，还摸索出了盟旗制度这种管用的管理法子。 后金对漠南蒙古恩威并用，东三盟各部随后就纷纷向皇太极低头。嫩科尔沁部还有扎赉特、杜尔伯特、郭尔罗斯这些部落也跟着归附，为后来的哲里木盟打下了底子。皇太极继位后还是用这一套办法，用察哈尔林丹汗不得人心这点当借口，把漠南的各部都拉过来了。 天命十一年十月，皇太极说是跟明朝通好却打了边堡的探子，出兵去收拾漠南左翼的内喀尔喀五部。林丹汗在这时候不帮忙反倒是抢地盘，导致五部被打得狼狈逃跑躲进科尔沁地界。后来扎鲁特和巴林两部也在天聪二年（1628年）归顺了后金。 内喀尔喀五部溃败后，敖汉和奈曼这两伙人因为两边夹击也没跑掉，最后被皇太极招来就往东边辽河这边搬了。没有了这两个屏障挡着，林丹汗感觉压力太大，就带着主力往西跑了想躲开敌人并重新夺回右翼。 天聪二年九月，林丹汗在挨不哈这一仗把土默特、喀喇沁、鄂尔多斯这三万联军给打败了，占了大片地盘。跟林丹汗到处烧杀抢掠比起来，皇太极这边是想方设法招抚这些逃难的部落，影响力也就更稳当了。 天聪四年，阿鲁科尔沁部往南走到了西拉木伦河流域才算正式归降。天聪五年，喀喇沁部的毕拉式汗、布颜台吉、苏布地塔布囊这些贵族还有东土默特的鄂木布楚琥尔洪台吉都来归附了皇太极。不少部落被收进了八旗或是放到辽西安家落户，后来就慢慢变成了昭乌达盟里的那些旗。 天聪六年原属察哈尔的翁牛特部也是受不了林丹汗的欺负才跑来投靠皇太极的。到这时候把昭乌达盟拼凑出来的那些蒙古部落差不多都在大清手下干活了。 天聪八年林丹汗怕被大清和南边的蒙古人一块收拾就往西迁去了青藏那边最后死在了甘肃大草滩。他一死儿子和手下人都投降了大清变成了大清朝的一部分。 天聪十年四月皇太极在盛京称帝把国号改成了“清”。当时漠南有十六个部落四十九个台吉都跑来给他磕头拜年还送了个“博格达彻辰汗”的头衔承认他是蒙古的大当家。