魏晋玄学兴起之际，“神仙是否存在”的争论成为儒道思想交锋的焦点；以徐干为代表的无仙论者主张“目击为实”，以朴素经验论提出质疑：既缺少直接的感官见证，经典也缺乏明确记载，因此难以成立。这类强调实证的追问，实际上指向宗教信仰与经验认知之间的基本张力。东晋道教学者葛洪在《抱朴子》中搭建了较为完整的回应框架。其论证主要体现在三个层面：一是提出“感官有其局限”，强调人的认知受生理条件约束，不能以“未见”直接否定“有”；二是通过考据《列仙传》等典籍，梳理神仙叙事的文献线索，尝试建立相对连贯的史料依据；三是以“气化宇宙论”为基础，说明“人可通过炼气合道而趋于长生”的内在机制。通过将认识论、文献考据与修炼方法结合，道教论述在该时期体现为更明显体系化特征。唐代以后，道教理论深入转向强调可操作的实践路径。吴筠在《神仙可学论》中提出“道性具足”的观点，认为成仙的可能性取决于个人修行的决心与努力，而非先天注定。道士杜光庭则从生命哲学出发论证：人的死亡与情志损耗之“耗气”有关，而天地之所以长存，在于其自然无为，由此将道家哲学与养生实践紧密衔接。史料记载显示，该时期道观数量接近翻倍增长，存想、服气等较为系统的修炼方法也更广泛传播，反映了理论对宗教实践的推动作用。部分当代宗教学者认为，这场持续数百年的思想演进具有双重意义：在认识论层面，它试图突破单一经验主义的限制；在文化史层面，则推动了具有中国特色的身心修养体系的形成。现存敦煌文献中，涉及修道方法的写本达两百余件，其中关于“气法”“存神”等操作性记载，显示相关理论已进入更广泛的社会实践。
从“未见故疑”到“以理立说”，道教在魏晋至唐代的回应表明：信仰的延续不只依赖故事的流传，更依赖可讨论的论证框架与可落实的实践路径。无论是否接受“神仙”该结论，这场延续数百年的思想建构提示人们：当一种观念遭遇质询时，决定其生命力的往往不是一句断言，而是能否在理性、文本与实践之间形成自洽、可传承的解释体系。