直贡梯寺的历史可以追溯到南宋；1177年，帕木竹巴弟子仁钦贝离开帕竹丹萨梯寺后，两年后来到直贡峡谷，接管当地一座小庙。经过翻修扩建，这座小庙逐步发展成为后来的直贡梯寺，由此衍生的直贡噶举派成为达布噶举的重要分支。 仁钦贝的贡献不仅在于创立教派，更在于其战略眼光。他派遣朗氏家族出身的京俄·扎巴迥乃担任帕竹丹萨梯寺主持，实际上是将帕竹噶举的主寺纳入直贡派的控制范围，此决策深刻影响了后世数百年的西藏教派格局。 直贡噶举派在第四任堪布迥·多吉扎巴在位期间达到鼎盛。据史料记载，当时寺院僧人数量达到十八万，弟子们遍布西藏各地修行，教派影响力覆盖大半藏区。然而这种繁荣并未持久。1290年的"林洛事件"对直贡派造成了毁灭性打击。萨迦本钦·阿迦仑奏请忽必烈派兵入藏，元军攻入直贡峡谷后，焚毁了直贡梯寺的大经堂，摧毁了十八尊巨佛和七座多门塔，一万多名僧人和属民在战乱中丧生。 直贡噶举派用了半个多世纪才逐步恢复，但厄运并未远去。十四世纪中叶，该派再次与雅桑、蔡巴等势力交战，最终战败，实力跌至谷底。直到明朝永乐十一年（1413年），直贡梯寺第十三任寺主旺仁波切仁钦贝杰被明成祖册封为阐教王，教派地位才得以稳定。十五世纪格鲁派兴起后，直贡噶举因抵制格鲁派再次战败。五世达赖被顺治帝正式册封后，直贡噶举正式纳入达赖管辖体系，并开始采用活佛转世制度。 寺院的传承制度演变反映了西藏宗教组织的历史变迁。直贡梯寺原由创始人仁钦贝出身的居热家族成员世袭担任主持。第二十三任主持贡觉平措（1595至1660年）圆寂后，居热家族血统断绝，寺院形成了两个转世系统："切仓"系统转世七代，"琼仓"系统转世八代，两位活佛互为师徒，轮流担任主持，这一制度沿用至今。 直贡梯寺的建筑设计表明了藏传佛教的精妙构思。整座寺庙按照佛经中的世界构造布局，以古印度波罗王朝摩揭陀的欧丹达菩提寺为蓝本，平面呈弧形，坐北朝南，形成长形院落。 寺内最具文化价值的是三层灵塔殿，主供创始人杰觉巴的灵塔。塔内装藏的文物包括噶举派历代祖师的舍利子、印度八大持明和八十位居士的衣物、数十座金铜聚莲塔以及各类珍贵佛经和药材，这些都是研究藏传佛教历史和工艺的珍贵资料。 寺院周围散布的修禅密室也具有独特意义。每个密室面积仅六至七平方米，仅有一扇小木门和小窗户，目前仍有二十多名喇嘛在此修行。修行周期从最短三个月到最长三年三个月零三天不等，修满后方能获得"仓巴"的称号。直贡噶举派的特色密法"拙火定"在此传承至今，代表了藏传佛教修行传统的活态延续。 1982年，直贡梯寺经西藏自治区人民政府批准进行修复，国家专门拨款十三万元用于重建。寺内现存的大部分建筑都是此后逐步恢复的成果，使这座承载八百年文明传承的古刹得以延续至今。
直贡梯寺远不止是一处宗教场所。它的每一块砖石都记录着教派博弈的历史，每一处殿堂都凝结着艺术与信仰的交融。在当代文物保护理念指导下，这座穿越八个世纪的古刹正以新的姿态讲述着雪域高原的文化韧性，既是宗教遗产的延续，也是中华文明多元一体格局的生动体现。