2025年11月，萧旭岑当上国民党副主席后，一边打理马英九基金会的工作，一边协助郑丽文主席处理党务。他的立场始终跟郑丽文站在一起。可是马办里的部分人士对此感到不满，特别是在蓝白合、军购等议题上，双方立场对立。事情发展到了相互提告的地步。这个矛盾为这次离职埋下了祸根。3月16日，马英九基金会突然发布声明，宣称萧旭岑、王光慈在2月底已完成离职交接。他们还特意强调二人的言行跟马英九基金会没有关系，措辞非常生硬又突兀。这声明立刻引起外界质疑，人们普遍认为这不是正常离职，而是有人排挤萧旭岑、迫使他离开。 本来蓝营内部正在进行整合，结果被这起事件撕开了裂痕。绿营借机炒作此事，让蓝营陷入舆论被动。舆论持续发酵之后，郑丽文在3月23日公开指出萧旭岑辞职是被马英九身边的马办人士刻意针对。她坦言心疼萧旭岑的遭遇，说他在基金会尽心尽力维护马英九的立场。郑丽文批评这位马办人士长期挑拨离间、抹黑同事严重破坏团结。同时她表示希望萧旭岑放下基金会的事专心处理党务。邱毅也一针见血地指出这次离职不简单，根本原因是部分人要跟郑丽文、萧旭岑划清界限。 邱毅认为这次风波本质上是理念和权力之争。蓝营再这样内斗下去只会让自己人伤心、对手高兴。 对于未来的发展可以预料到的是如果搞事的人不收手郑丽文可能会采取更多行动整顿内部而蓝营也会迎来一次更彻底的整合至于后续如何我们拭目以待。